Характеристики списка находок

Список находок оказался лимитирован числом находок. В параметрах алгоритма я менял число отображаемых последовательностей от 100 до 500

Изменение длины слова

Длина слова Кол-во находок E-value<0.001 Max E-value
6 475 475 6,00E-29
2 484 475 9.6

Изменение объема поиска

Для этого задания я выбрал белок C1FN38.1 и производил поиск по таксону Firmicutes. E-value выравнивания при использовании всего банка составил 2e-90, а при выравнивании с данным таксоном 2e-91. Отсюда можно сделать вывод о том, что в банке содержится большое число белков принадлежащих моему таксону, а именно 1\10 часть всего банка. Из-за изменения объема банка меняется только вес в битах, обычный вес остается неизменным.


© Вячеслав Сафронов 2017